レーンの断面化による数値化の方法はarea解析と呼び、各レーンに引いたラインに垂直に各バンドに合わせた一定の幅を取り、そのシグナルの1ピクセル当りの平均値を基に計算を行います。この手法はこの幅が目的のシグナルすべてを含むように設定した場合、正確性が上がります。ラインをグラフ化した後、各ピークを検出し、そのピークまたはカーブを積分し、エリアレポートとして結果を表示します。

オブジェクト（画像の一部を線で囲った範囲）の数値化の方法はまず興味深い目的物（バンド、スポット、スロット等）を四角や丸やフリーハンドで囲みます。この方法での 数値化は、ユーザーが解析するために必要な領域を定義することができ、また数値化の前にバックグラウンド補正の方法をいくつか選ぶことができるため、エリア解析方法よりいっそう定量の正確性が上がります。各手法により絶対的に表示される値は異なりますが、相対的な測定値は類似しています。