NGS試薬にかかるコストを削減して、データ解析にもっと投資しませんか？

データ解析と解釈を含むバイオインフォマティクスは、NGSを使ったゲノム研究の発展に影響を与えており、最大の課題になっています。次世代シークエンンシング（NGS）ワークフローの最も大きなボトルネックは、データの解析と解釈に費やされる時間であるとされています。

NGSのデータを解析するための知識を習得し、適したデータ解析ツール（ソフトウェア、アプリ、ハードウェアなど）を用いることで、データ解析と解釈をもっと自分のものにしましょう。

NGSデータ解析と解釈をさらに深掘りすることで新しい発見をし、ジャーナルに論文を投稿しませんか？

ここでは、NGSの主要なワークフローの一つであるサイズセレクションにかかる試薬代を削減できる可能性がある磁気ビーズ「Sera-Mag™ Select」をご紹介します。サイズセレクションにかかるコストを削減してNGSデータ解析にもっと投資したい方には、きっとお役に立てると思います。ぜひ最後までご覧ください。

試薬にかかるコストを削減して、もっとNGSのデータ解析に投資しませんか？

節約した研究費を使って、NGSのデータ解析をもっと充実させましょう！
たとえば、

データ解析用ソフトウェア・アプリ・ハードウェアの購入
データ解析の知識を習得するための本の購入やトレーニングの受講

データ解析以外にもこんな使い方ができます!

解析サンプル数を増やし、データの信頼性を上げる
研究結果から生まれた新しい疑問に答えるため、さらに別の実験をする
国際学会での発表や、論文投稿費用として使う

いまお使いの磁気ビーズをSera-Mag™ Selectに替えて頂くことで、DNA断片のサイズセレクションにかかるコストを削減できる可能性があります。

高い回収率と再現性を持つSera-Mag™ Selectは、一般的に用いられるプロトコールが使用可能で、コストを削減できる可能性のある磁気ビーズです。まずは無償サンプルをお申し込みください。

NGSワークフローにおける磁気ビーズSera-Mag™ Selectの役割

NGSのライブラリー調製に必要なDNA断片のサイズセレクション（さまざまな長さのDNA断片からシークエンシング用に特定サイズのDNA断片をセレクトすること）は、得られるシークエンス結果/遺伝子検査結果に大きな影響を与えます。

Sera-Mag™ Selectは、SPRI（Solid Phase Reversible Immobilization）技術をベースにした磁気ビーズで、NGSライブラリーのサイズセレクション、およびPCR産物の精製に使用できます。Sera-Mag™ Select を用いて、NGS解析に用いるライブラリーのサイズを揃えることにより、シークエンス解析に高い再現性と効率的なスループットが期待できます。

磁気ビーズSera-Mag™ Selectのテクノロジー

Sera-Mag™ Selectは、Sera-Mag™ Speed Beadsカルボキシル修飾ビーズの優れた結合特性と、最適化されたReady-to-UseのBinding bufferを組み合わせており、大量解析用の自動化ライブラリー装置への使用にも適しています。

【可逆的固定法SPRIの原理】

特定の濃度のポリエチレングリコール（PEG）およびNaイオン（NaCl）の環境下で、DNAをカルボキシル修飾ポリマービーズの表面（-COOH）に吸着させることができます。このプロセスは可逆的であり、結合されたDNA分子は適切な条件下で溶出・回収できます。

Sera-Mag™ Selectプロトコール

サンプルに対するSera-Mag™ Selectの比率を変えるだけで、保持したい、あるいは除去したいDNAサイズを自由に制御することができます。

高分子領域の回収（レフトサイドセレクション）、低分子領域の回収（ライトサイドセレクション,Fig.1）、中間領域の回収（ダブルサイズセレクション）およびPCR産物の回収（≥100 bpサイズのPCR産物精製）の4つのプロトコールを用意しております。

原則として、サンプルに対するSera-Mag™ Select試薬の混合比率が大きいほど、より低分子のDNAがビーズに結合されます。

※サイズセレクションプロトコールの詳細は、「Sera-Mag™ Select User Guide（PDF）」をご参照ください。

Fig. 1 レフトサイドセレクションのデータ例
NEBNext™ dsDNA Fragmentase™（NEB）で断片化されたヒトゲノムDNA100 ng（TEで50 ul）を、サンプルに対する所定の比率のSera-Mag™ Select量をサンプルに添加し、サイズセレクションされたDNAをTE 50 ulで溶出し、Agilent™ high Sensitivity DNAChipを用いてBioAnalyerで1 ulを測定した結果。

また、Sera-Mag™ Selectを用いて、増幅後のPCR産物をクリーンアップし、未使用のオリゴヌクレオチド、PCRバッファー成分、および酵素を除去できます（Fig.2）。インプットサンプル量より少ないバッファー量で溶出することにより、溶出されたDNAサンプルの濃縮もできます。

Fig. 2 PCRクリーンアップ
Sera-Mag™ Select使用前後の比較データ（使用前：1 使用後：2）。Sera-Mag™ Selectを用いることですべてのプライマーが除去されました。

よくある質問

PCRクリーンアップとサイズセレクションの両方にSera-Mag™ Selectを使用できますか？
はい、Sera-Mag™ Selectは、PCRクリーンアップとサイズセレクションの両方に使用可能です。

ダブルサイズセレクションの上限サイズを教えてください。
ダブルサイズセレクションのDNAフラグメントの上限サイズは約2 kbです。

その他のよくあるご質問、テクニカルTips、プロトコールなどは、「Sera-Mag™ Select User Guide（PDF）」をご参照ください。