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NGS試薬にかかるコストを削減して、データ解析にもっと投資しませんか?

データ解析と解釈を含むバイオインフォマティクスは、NGSを使ったゲノム研究の発展に影響を与えており、最大の課題になっています。次世代シークエンンシング(NGS)ワークフローの最も大きなボトルネックは、データの解析と解釈に費やされる時間であるとされています。

NGSのデータを解析するための知識を習得し、適したデータ解析ツール(ソフトウェア、アプリ、ハードウェアなど)を用いることで、データ解析と解釈をもっと自分のものにしましょう。

NGSデータ解析と解釈をさらに深掘りすることで新しい発見をし、ジャーナルに論文を投稿しませんか?

ここでは、NGSの主要なワークフローの一つであるサイズセレクションにかかる試薬代を削減できる可能性がある磁気ビーズ「Sera-Mag Select」をご紹介します。サイズセレクションにかかるコストを削減してNGSデータ解析にもっと投資したい方には、きっとお役に立てると思います。ぜひ最後までご覧ください。

試薬にかかるコストを削減して、もっとNGSのデータ解析に投資しませんか?

節約した研究費を使って、NGSのデータ解析をもっと充実させましょう!
たとえば、

  • データ解析用ソフトウェア・アプリ・ハードウェアの購入
  • データ解析の知識を習得するための本の購入やトレーニングの受講

データ解析以外にもこんな使い方ができます!

  • 解析サンプル数を増やし、データの信頼性を上げる
  • 研究結果から生まれた新しい疑問に答えるため、さらに別の実験をする
  • 国際学会での発表や、論文投稿費用として使う

いまお使いの磁気ビーズをSera-Mag Selectに替えて頂くことで、DNA断片のサイズセレクションにかかるコストを削減できる可能性があります。

※掲載されている価格は2019年12月現在の希望小売価格です(消費税は含まれておりません)。希望小売価格は単なる参考価格であり、弊社販売代理店が自主的に設定する販売価格を何ら拘束するものではありません。

高い回収率と再現性を持つSera-Mag Selectは、一般的に用いられるプロトコールが使用可能で、コストを削減できる可能性のある磁気ビーズです。まずは以下より無償サンプルをお申し込みください。

以下の注意点をご一読のうえ、ご請求いただきますようお願いいたします。

  • サンプルの容量は1 mlとなります。
  • 毎週金曜12:00までのお申し込み分を翌週木曜または金曜にお届けいたします。
  • サンプルは、ご使用になるお客様のご所属、または代理請求される代理店様にお送りします。送付先住所はお申し込み者ご自身のご所属をご記入ください。
  • NGSワークフローにおける磁気ビーズSera-Mag Selectの役割

    NGSのライブラリー調製に必要なDNA断片のサイズセレクション(さまざまな長さのDNA断片からシークエンシング用に特定サイズのDNA断片をセレクトすること)は、得られるシークエンス結果/遺伝子検査結果に大きな影響を与えます。

    Sera-Mag Selectは、SPRI(Solid Phase Reversible Immobilization)技術をベースにした磁気ビーズで、NGSライブラリーのサイズセレクション、およびPCR産物の精製に使用できます。Sera-Mag Select を用いて、NGS解析に用いるライブラリーのサイズを揃えることにより、シークエンス解析に高い再現性と効率的なスループットが期待できます。

    磁気ビーズSera-Mag Selectのテクノロジー

    Sera-Mag Selectは、Sera-Mag Speed Beadsカルボキシル修飾ビーズの優れた結合特性と、最適化されたReady-to-UseのBinding bufferを組み合わせており、大量解析用の自動化ライブラリー装置への使用にも適しています。

    【可逆的固定法SPRIの原理】

    特定の濃度のポリエチレングリコール(PEG)およびNaイオン(NaCl)の環境下で、DNAをカルボキシル修飾ポリマービーズの表面(-COOH)に吸着させることができます。このプロセスは可逆的であり、結合されたDNA分子は適切な条件下で溶出・回収できます。

    Sera-Mag Selectプロトコール

    サンプルに対するSera-Mag Selectの比率を変えるだけで、保持したい、あるいは除去したいDNAサイズを自由に制御することができます。

    高分子領域の回収(レフトサイドセレクション)、低分子領域の回収(ライトサイドセレクション,Fig.1)、中間領域の回収(ダブルサイズセレクション)およびPCR産物の回収(≥100 bpサイズのPCR産物精製)の4つのプロトコールを用意しております。

    原則として、サンプルに対するSera-Mag Select試薬の混合比率が大きいほど、より低分子のDNAがビーズに結合されます。

    ※サイズセレクションプロトコールの詳細は、「こちらのページ下のSera-Mag Select User Guide」をご参照ください。


    Fig. 1 レフトサイドセレクションのデータ例
    NEBNext dsDNA Fragmentase(NEB)で断片化されたヒトゲノムDNA100 ng(TEで50 ul)を、サンプルに対する所定の比率のSera-Mag Select量をサンプルに添加し、サイズセレクションされたDNAをTE 50 ulで溶出し、Agilent high Sensitivity DNAChipを用いてBioAnalyerで1 ulを測定した結果。

    また、Sera-Mag Selectを用いて、増幅後のPCR産物をクリーンアップし、未使用のオリゴヌクレオチド、PCRバッファー成分、および酵素を除去できます(Fig.2)。インプットサンプル量より少ないバッファー量で溶出することにより、溶出されたDNAサンプルの濃縮もできます。


    Fig. 2 PCRクリーンアップ
    Sera-Mag Select使用前後の比較データ(使用前:1 使用後:2)。Sera-Mag Selectを用いることですべてのプライマーが除去されました。

    よくある質問

    PCRクリーンアップとサイズセレクションの両方にSera-Mag Selectを使用できますか?
    はい、Sera-Mag Selectは、PCRクリーンアップとサイズセレクションの両方に使用可能です。

    ダブルサイズセレクションの上限サイズを教えてください。
    ダブルサイズセレクションのDNAフラグメントの上限サイズは約2 kbです。

    その他のよくあるご質問、テクニカルTips、プロトコールなどは、「こちらのページ下のSera-Mag Select User Guide」をご参照ください。

    Sera-Magを使用した文献リスト例

    内容:RNA-SequencingでSera-Magを用いたcDNA精製の実績
    Barcoding reveals complex clonal dynamics of de novo transformed human mammary cells

    内容:Sera-Magを用いたChIP-SequencingのcDNA精製実績
    Polycomb contraction differentially regulates terminal human hematopoietic differentiation programs

    内容:Sera-Magを用いたPCR産物精製実績
    Genomic Access to Monarch Migration Using TALEN and CRISPR/Cas9-Mediated Targeted Mutagenesis

    内容:Sera-Magを用いたNGSのPCR産物精製
    Experimental approaches for ancient DNA extraction and sample preparation for next generation sequencing in ultra-clean conditions

    内容:Sera-Magを用いたNGSのDNA精製
    Triazole linking for preparation of a next-generation sequencing library from single-stranded DNA

    内容:Sera-Magを用いたNGSのプラスミド抽出とDNA精製
    High-throughput construction of multiple cas9 gene variants via assembly of high-depth tiled and sequence-verified oligonucleotides.

    以下の注意点をご一読のうえ、ご請求いただきますようお願いいたします。

  • サンプルの容量は1 mlとなります。
  • 毎週金曜12:00までのお申し込み分を翌週木曜または金曜にお届けいたします。
  • サンプルは、ご使用になるお客様のご所属、または代理請求される代理店様にお送りします。送付先住所はお申し込み者ご自身のご所属をご記入ください。
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