Cytiva

検索のヘルプ

Location：Home ＞ 実験手法別製品・技術情報 ＞ BIA（生物物理学的相互作用解析） ＞ 相互作用解析の王道

Presented by Dr. Kouhei Tsumoto
東京大学大学院
医科学研究所
津本 浩平 先生

実践編-3：核酸-タンパク質相互作用の熱力学的解析（2）
特に超好熱性タンパク質に対する温度に対応したDNAの相互作用特性について

目次

  1. はじめに
  2. 超好熱菌由来TATA-box結合タンパク質の分子特性（当ページです）
  3. PhoTBPのSELEX解析
  4. SELEX DNAの熱力学的な相互作用解析
  5. SELEX DNAの塩濃度依存性
  6. ゲノム配列における生物学的意義
  7. おわりに

超好熱菌由来TATA-box結合タンパク質の分子特性

基本転写因子の1つとして知られるTATA-box結合タンパク質(TBP)は、転写開始位置を示すA/T-rich塩基配列DNA（TATA-boxプロモーター）に対し特異的に結合します。その際DNAは折れ曲がったbendingと呼ばれる構造を形成し複合体は安定化します。またTBPはさまざまな8 bpのA/T-rich配列DNAと結合することができ、ある特異的なDNA構造を認識しているとされています[2]。この研究では、超好熱古細菌Pyrococcus horikoshii由来TBP（PhoTBP）をモデル分子として用いました。示差走査型熱量測定より、PhoTBPの変性温度は100℃と非常に高い熱安定性を示しました(デ-タは示していません)。TBPのTATA-boxに対する結合は、疎水性相互作用による脱水和作用を主な駆動力としています(図1)。

図1
図1. TBPと二本鎖DNA間の相互作用モデル図

等温滴定型熱量測定(ITC)によるPhoTBPとArchaea系TATA-boxプロモーター（box-A）との相互作用は、高温条件下において高い結合親和性(KA=106M-1)を示し、脱水和反応に由来するエントロピー駆動型の相互作用が観察されました（図2）[4]。

図2
図2. TBPと二本鎖DNA間相互作用における反応熱と熱力学的パラメーター(ITC測定)

次へ（PhoTBPのSELEX解析）

「相互作用解析の王道」について

「相互作用解析の王道」は、2009年8月よりバイオダイレクトメールでお届けしています。

連載記事一覧
回 タイトル 配信
ご挨拶 連載「相互作用解析の王道」を始めるにあたって 2009年8月
第1回 原理：其は王道を歩む基礎体力 2009年10月
第2回 実践編その1：抗シガトキシン抗体の相互作用解析例 2009年12月
第3回 対談：アフィニティーを測定する際の濃度測定はどうする？ 2010年2月
第4回 実践編-2：相互作用解析手法を用いた低分子スクリーニング その1 2010年4月
第5回 実践編-3：核酸-タンパク質相互作用の熱力学的解析 2010年8月
第6回 概論：タンパク質/バイオ医薬品の品質評価における、SPR/カロリメトリーの有用性 2010年11月
第7回 抗体医薬開発の技術革新～物理化学、計算科学との融合～ 2011年5月
第8回 対談：バイオ医薬品の品質管理技術の発展性～相互作用の観点から～ 2011年8月
第9回 対談：バイオ医薬品の品質管理技術の発展性～タンパク質の構造安定性の観点から～ 2011年9月
第10回 実践編-4：フラグメントライブラリーの測定におけるSPR/ITC戦略の実効性と効率的活用法（1） 2011年10月
第11回 実践編-4：フラグメントライブラリーの測定におけるSPR/ITC戦略の実効性と効率的活用法（2） 2011年12月
参考 用語集  
〈応用編〉連載記事一覧
回 タイトル 配信
第1回 抗体医薬リードのカイネティクス評価手法の実例 2012年5月
第2回 細胞表面受容体の弱く速い認識を解析する 2012年7月
第3回 SPRを用いた分子間相互作用測定における、“低”固定化量の重要性 2012年8月
第4回 DSC（示差走査熱量計）によるタンパク質の熱安定性評価（1） 2012年9月
第5回 DSC（示差走査熱量計）によるタンパク質の熱安定性評価（2） 2012年10月
第6回 「ファージライブラリによるペプチドリガンドのデザインにおける相互作用解析」 2012年11月
第7回 SPRとITCの競合法を用いたフラグメント化合物のスクリーニングとキャラクタリゼーション 2012年12月
第8回 DSC（示差走査熱量計）によるタンパク質の熱安定性評価（3） 2013年2月
第9回 熱分析とタンパク質立体構造に基づくリガンド認識機構の解析 2013年3月
〈最終回〉
最終回 連載「相互作用解析の王道」を終えるにあたって　～3年間を振り返って、そしてこれから～ 2013年4月

バイオダイレクトメールは弊社WEB会員向けメールマガジンです。バイオダイレクトメールの配信をご希望の方は、下記リンク先からご登録をお願いいたします。

→WEB会員およびバイオダイレクトメール読者へのご登録

関連リンク

津本先生の研究内容や論文などはこちら→津本浩平先生の研究室Webサイト
東京大学　医科学研究所　疾患プロテオミクスラボラトリー

お問合せフォーム

※日本ポールの他事業部取扱い製品（例: 食品・飲料、半導体、化学/石油/ガス ）はこちらより各事業部へお問い合わせください。